Nació en Asunción el 27 de agosto de 1904, hijo de Ma. Magdalenta Flores, una lavandera de los bajos del Cabildo asunceno. Se cree que su afición por la música la heredo de su padre, el guitarrista Juan Volta.

El propio maestro Flores refiere que su historia musical empezó "por robar un pedazo de pan" de un negocio de las cercanías de la parroquia de San Roque, donde, con otros niños, gustaba de corretear y jugar. Aquel mendrugo determinó que el niño fuera a parar a una comisaría y de allí, como "castigo", en el caracter de aprendiz en la Banda de Música de la Policia, escuela de los mejores talentos de una generación de oro dentro de la música popular paraguaya.

Su primera composición, una alegre polca dedicada a su padrino, "Manuel Gondra", data de 1922.

En 1925, experimentando sobre una vieja canción popular, "Maerãpa reikuaase", logró llegar al género de la Guarania, ritmo que convierte al Paraguay en uno de los pocos países del planeta que tiene una música propia cuyo autor se conoce. El mismo Flores dirá, andando el tiempo, que "la Guarania es de mi pueblo, fue escrita para y por mi pueblo". En 1928 conoció al poeta guaireño Manuel Ortiz Guerrero quien sería el autor de los versos de sus más famosas obras e influiría de manera decisiva en la vida personal del músico. Un año después recibió de manos del presidente de la Rca. Argentina el premio al mejor instrumentista del certamen internacional de Bandas realizado en Buenos Aires.

En 1932 se alistó en defensa de su patria y combatió en el frente de batalla en la guerra del Chaco contra Bolivia. Vivió en Buenos Aires, hacia la mitad de los años '30, ocasión en la que formó una agrupación propia, la "Orquesta Ortiz Guerrero" con la cual, en 1934, grabaría un disco absolutamente antológico. en 1936, cuando el triunfo de la Revolución del 17 de febrero, regresó al país y fue designado director de la orquesta Folklórica Guaraní. Se desempeñó asimismo como profesor de la Escuela de Enseñanza Primaria Musical. Por avatares políticos tan propios del turbulento Paraguay de aquel tiempo, volvió al exilio en la Argentina. En su país, mientras tanto, sus guaranias alcanzaban gran popularidad y difusión y, en este marco, "India", con letra inicial de Rigoberto Fontao Meza y luego con la definitiva de Ortíz Guerrero, se convertiría en "Canción Nacional" por decreto del año 1944.

En 1949 rechazó la condecoración "Orden Nacional del Mérito" en protesta contra el asesinato del joven estudiante Mariano Roque Alonso. Este hecho le valió, bajo el mote de "traidor a la patria" la imposibilidad absoluta de regresar al país durante el gobierno de Alfredo Stroessner (1954-1989). El ingreso se le negó incluso cuando ya muy enfermo y en los últimos años de su vida pidió retornar y establecerse en un pequeño rancho. Fue designado miembro del Consejo Mundial de la Paz. En 1954 comenzó una etapa de "jerarquización de la guarania" a partir del trabajo sinfónico sobre sus principales obras ya escritas y creando sus célebres poemas sinfónicos, Víctima del mal de Chagas, falleció José Asunción Flores en Buenos Aires, el 16 de mayo de 1972, tres meses antes de cumplir 68 años.


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